Há dois grandes grupos de cefaleias, as primárias e as secundárias.
As cefaleias primárias, são em si próprias uma doença, não sendo sintoma ou consequência de outra doença e representam 90% de todas as cefaleias. As cefaleias primárias mais frequentes são as cefaleias tipo tensão, a enxaqueca e a cefaleia em salvas ("cluster headache").
As cefaleias secundárias são muito menos frequentes, sendo consequência de outra doença como doença cerebrovascular (AVC), traumatismo craniano, tumor e doença metabólica (diabetes e doenças da tiróide). Podem ainda ser o resultado de perturbações dos olhos, ouvidos, dentes ou seios perinasais.
A enxaqueca afecta cerca de 15% da população, sendo mais frequente no sexo feminino. Frequentemente atinge um lado da cabeça, é pulsátil (latejante) e acompanha-se de náuseas (agonias), vómitos e aumento da sensibilidade à luz e ao som. Os tipos principais são a enxaqueca sem aura (anteriormente designada por enxaqueca comum) que é a mais frequente e sem os sintomas associados à aura e a enxaqueca com aura ( antes designada por enxaqueca clássica) com perturbações visuais ou sensitivas, designadas por aura.
A cefaleia tipo tensão é a cefaleia mais frequente e foi também designada por cefaleia do stress ou cefaleia "normal".
A cefaleia em salvas é uma cefaleia muito severa, sendo mais frequente nos homens. As crises são mais curtas e mais frequentes que as da enxaqueca, são sempre do mesmo lado e ocorrem por períodos (as salvas) que duram semanas.